圣索菲亚大教堂在希腊语里的意思是上帝智慧。其拉丁语名称则为Sancta Sophia，希腊语全名是“Ναός τῆς Ἁγίας τοῦ Θεοῦ Σοφίας”，解作“上帝圣智教堂”，教堂供奉在正教基督教神学里的耶稣。大教堂称为“圣索菲亚”（Ἁγία Σοφία），是特别献给天主圣智的那一位，即圣三中的圣言。这种对耶稣的称呼可能源自保禄从（保罗）对基督的描绘，格前1:24 “基督却是天主的德能和天主的圣智(Σοφία)”。

在该教堂伫立的地点曾经存在过两座被暴乱摧毁的教堂，公元532年拜占庭皇帝查士丁尼一世下令建造第三所教堂。在拜占庭雄厚的国力支持之下，由物理学家米利都的伊西多尔及数学家特拉勒斯的安提莫斯设计的这所教堂在公元537年便完成了其建造。刚竣工时的圣索菲亚大教堂是正教会牧首巴西利卡形制的大教堂，在1519年被塞维利亚主教座堂取代之前圣索菲亚大教堂一直是世界上最大的教堂。